崇祯帝震怒，急命陕西巡按吴甡查实报告。

吴甡向皇帝报告:杨鹤主抚误国。

崇祯皇帝不再迟疑，于崇祯二年，七月三日命锦衣卫捉拿杨鹤回京审问。

杨鹤被捕之前悲愤欲绝，写了题为“微臣负不白之冤”的奏疏，为自己辩护。

他说皇上在平台召见大臣时曾经说过，“流贼原是中原赤子，不可纯以剿为事”。

臣遵照皇上的旨意，不嗜杀人，适逢皇上发银十万两，派吴赈济饥荒，招抚流贼。

臣奉行德意，诱降流贼队伍数支，无非想把他们解散归农，如此而已他讲的都是事实，问题在于钱粮不足，致使招抚流贼并没有成功，再讲那些旧话已经无济于事了。

适时分巡霸州道，加右参政的杨鹤之子杨嗣昌，听闻了父亲的遭遇。

于是，他马上向皇帝请求，愿意代替父亲承担罪责，其实是希望看在父子两代效忠朝廷，从轻发落。

皇帝没有允许，杨鹤知道大局已定，鸣冤已无济于事，写了题为“咫尺天颜束身待罪”的奏疏，承认自己的失误，却书生气十足地批评皇帝用人不当。

他说由臣出任总督，是用非其人。

他说皇上平台召对时，曾当面说明，自己没有戡定祸乱的才千，也没有防守边疆的阅历。

念及报答圣恩，勉为其难，不料狼狈至此，实在是自己的失误。

同时他又毫不客气地指出，自己到任以后，除了皇上给他的十万两私银之外，再没给过他一两银子，一石米粮，致使五省兵马溃散，时势一日难于一日。

采取招抚的方针，也是形势所迫。

平心而论，情况确实如此。

但是作为一个束身待罪的人，把责任推到了自己的顶头上司，绝对不是明智之举。

果然，崇祯大怒，不允许任何大臣为他说情。

事实上，就是崇祯允许也不会有大臣为他说情，朝堂上的大臣一个个只知道明哲保身，没有人会在这个时候去触皇上的霉头。

更何况他们早就想把杨鹤排挤出朝堂了，现在这么好的时机他们怎么会放过。

五省兵马散了，崇祯知道，他现在没有钱粮很难再把他们聚集起来。

于是就和大臣们商量是不是增加田赋，弄些银钱来。

大臣们听了崇祯的话语开始商量起来。

七月十一日，户部尚书毕自严条陈赋役全书则例五事：起存之琐细宜备，杂项之开列宜详，驿站之增派宜减，民屯之出纳宜清，裁定之册式宜减。

崇祯帝允从。

在此之后崇祯开始大张旗鼓的裁撤驿站。

做完这件事情，大臣们开始商讨五省总督的事情。

朝臣们一致认为，五省总督是王则之提出来的，而王则之是不是造反了，他们还没搞清楚。

所以，他们取消了五省总督一职，重新启用三边总督一职。

原来的三边总督武之望自尽了，现在五省总督又取消了，他们就开始推举新任的三边总督。

经过激烈的讨论之后，朝臣们终于统一了的意见。

他们推举于崇祯二年四月初九日击溃王左挂的洪承畴上任。

洪承畴听闻之后，战战兢兢，唯恐步杨鹤的后尘，写了“请宽前督”的奏疏，为杨鹤求情。

他说，杨鹤到任以来，小心谨慎由于灾荒严重，盗贼愈来愈多，东扑西生，灭彼起。

反贼降而复叛之变，实在是时势非常，出乎意料之外，恳请皇上从宽发落杨鹤。

崇祯被杨鹤揭短，很是生气，所以他毫不松口。

“杨鹤自有裁夺，不必代陈。”

不久，杨鹤被发配到江西袁州。